Η Διαχείριση Εκκαθάρισης Δαπανών έχει σαν κύρια λειτουργία την παρακολούθηση της πορείας των Χρηματικών Ενταλμάτων. Τα Χρηματικά Εντάλματα εκτός από τα βασικά στοιχεία, όπως Αριθμός, Περιγραφή, Κ.Α. Δαπανών, κ.α. διαθέτουν κατάσταση, η οποία χαρακτηρίζει σε ποια φάση βρίσκεται το Χρηματικό Ένταλμα («Εξοφλημένο», «Ακυρωμένο», «Στον Επίτροπο», κ.α.). Διάφορες εκτυπώσεις για την εκκαθάριση δαπανών καλύπτουν όλες τις πληροφορίες που χρειάζεται ο Οργανισμός με δυνατότητα εξαγωγής στοιχείων σε Excel, Word.

Στη βασική λειτουργία της Διαχείρισης Εκκαθάρισης Δαπανών ανήκει η τήρηση αρχείων στοιχείων δικαιούχων όπου καταχωρούνται στοιχεία όπως επωνυμία, διεύθυνση, κατηγορία (προμηθευτές κάθε είδους αγαθών και υπηρεσιών, μελετητές, εργολήπτες, στελέχη, δικαιούχοι επιδομάτων και επιχορηγήσεων, κλπ.), επάγγελμα και άλλες πληροφορίες. Για ευκολία οι χρεοπιστώσεις δικαιούχων εμφανίζονται στη λίστα του δικαιούχου και στην καρτέλα του. Υπάρχει επιλογή για πιο αναλυτικά στοιχεία των τιμολογημένων, ανεξόφλητων, ενταλθέντων και εξοφλημένων τιμολογίων. Πρόσθετες λειτουργίες συμπληρώνουν τα προηγούμενα με πλήρες κύκλωμα κρατήσεων, με έκδοση ενταλμάτων προπληρωμής, μερικής ενταλματοποίησης και μερικής εξόφλησης, με απόδειξη πληρωμής δαπανών και ταυτόχρονη παρακολούθηση τραπεζικών κινήσεων, έλεγχο καταστάσεων Επιτρόπου με παρακολούθηση όλων των κινήσεων, αυτόματη δημιουργία Μισθοδοτικών Καταστάσεων από αρχεία ΕΑΠ.