Το Επιχειρησιακό πρόγραμμα αποτελεί τη μετάφραση της στρατηγικής του Φορέα και των στόχων σε δράσεις εφικτές από τις υπηρεσίες του Φορέα. Το Επιχειρησιακό πρόγραμμα απεικονίζεται στο υποσύστημα σε δενδροειδή μορφή στα επίπεδα των Αξόνων, Μέτρων, Στόχων και Δράσεων με ανάπτυξη πενταετίας. Παρέχεται άμεση σύνδεση με το ετήσιο πρόγραμμα δράσης και με το τεχνικό πρόγραμμα για να αποτελέσει συνέχεια του ετήσιου προϋπολογισμού.

Το σύστημα παρακολουθεί τους δείκτες εισροών, εκροών και αποτελεσμάτων του Φορέα. Ενδεικτικά στοιχεία και αναφορές της εφαρμογής είναι: Άξονας, Μέτρο, Στόχος, Δράση, Κατηγορία Δράσης, Κατάσταση (Νέα / Συνεχιζόμενη), Χωροθέτηση, Φορείς, Κατηγορία (Λειτουργία/ Ενέργεια/ Επένδυση- Έργο), Ιεράρχηση / Προτεραιότητα, Αρμόδια Υπηρεσία, Υπηρεσία υλοποίησης, Εμπλεκόμενες Υπηρεσίες, Χρονοδιάγραμμα, Προϋπολογισμός, Κατανομή Π/Υ ανά έτος, Πηγές χρηματοδότησης, Δείκτες κ.α.