Η τήρηση του ηλεκτρονικού πρωτοκόλλου είναι υποχρεωτική βάσει της εγκυκλίου ΔΙΑΔΠ/Α1/3753/19-2-2001 περί ηλεκτρονικής διοίκησης του ΥΠΕΣΔΑ και συνδέεται με όλες τις υπηρεσίες, για την αυτόματη πρωτοκόλληση.

Η εφαρμογή του πρωτοκόλλου σχεδιάστηκε για την κάλυψη θεμάτων όπως, τήρηση των διαδικασιών πρωτοκόλλησης των κάθε είδους εισερχομένων εγγράφων και τη διανομή τους στις επιμέρους υπηρεσίες, τήρηση των διαδικασιών πρωτοκόλλησης των κάθε είδους εξερχόμενων εγγράφων και τη διεκπεραίωση/ αποστολή των εγγράφων αυτών στους αποδέκτες, δυνατότητα σάρωσης και αποθήκευσης των εγγράφων (εισερχόμενα, εξερχόμενα, οίκοθεν) και ηλεκτρονική διανομή στους αποδέκτες σύμφωνα με την αντίστοιχη χρέωση, δυνατότητα χρήσης ηλεκτρονικού ταχυδρομείου (e–mail) για την αποστολή σαρωμένων εγγράφων στους υπεύθυνους χρεώσεων και περαιτέρω προώθηση αυτών, δυνατότητα αποθήκευσης και ανάκτησης εγγράφων μέσω της εφαρμογής, διασύνδεση με όλες τις υπηρεσίες και δυνατότητα αυτόματης πρωτοκόλλησης με μοναδική αρίθμηση, απλοποιημένη δυνατότητα σύνδεσης των εισερχομένων, εξερχόμενων και κοινοποιήσεων, Web service πρωτοκόλλησης για διαδικτυακές εφαρμογές.