Το περιεχόμενο του ετήσιου προγράμματος δράσης περιλαμβάνει τις δράσεις που προκύπτουν από την κατ’ έτος εξειδίκευση του πενταετούς επιχειρησιακού προγράμματος και οι δαπάνες των οποίων χρηματοδοτούνται από τον ετήσιο προϋπολογισμό.

Το υποσύστημα προσφέρει αυτοματοποιημένη δημιουργία του ετήσιου προγράμματος δράσης και τη δυνατότητα τροποποίησης (αναμόρφωση) του προγραμματισμού υλοποίησης των δράσεων που έχουν προβλεφθεί στο επιχειρησιακό πρόγραμμα, σύμφωνα με την κατανομή του Προϋπολογισμού και των Χρηματοδοτήσεων. Στο ετήσιο πρόγραμμα δράσης μπορούν επίσης να συμπεριληφθούν νέες δράσεις, οι οποίες δεν έχουν προβλεφθεί στο επιχειρησιακό πρόγραμμα, εφόσον εντάσσονται στη στρατηγική και στις αναπτυξιακές προτεραιότητες του Φορέα. Στις περιπτώσεις αυτές υπάρχει ένδειξη για τη διαφοροποίηση που υπάρχει σε σχέση με το πενταετές επιχειρησιακό πρόγραμμα και προβάλλεται σε μορφή σημείωσης η σκοπιμότητα της νέας δράσης.